002 生物医药领域

Post date: 2015/2/8 上午 05:32:22

1、NAMD

2、GROMACS

3、DESMOND

4、AutoDock

5、DOCK

NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。

GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

DESMOND是由D.E.Shaw Research公司开发的相对较新的分子动力学模拟软件,主要应用于生物体系,如膜蛋白,小分子等。可以使用不同的力场,如CHARMM、AMBER、OPLS等,Desmond对膜蛋白的模拟非常的重视,其自带工具可以很方便的构建膜蛋白模拟体系。

AutoDock是The Scripps Research Institute的Olson科研小组使用C语言开发的分子对接软件包,目前最新的版本为4.01。AutoDock其实是一个软件包,其中主要包括AutoGrid和AutoDock两个程序。其中AutoGrid主要负责格点中相关能量的计算,而AutoDock则负责构象搜索及评价。

DOCK是UCSF Kuntz小组于1982年开发的分子对接程序,早期的版本以刚性对接为主,从4.0版开始考虑配体的柔性。像这样的半柔性(刚性受体-柔性配体:rigid receptor-flexible ligand docking)对接程序还有AutoDock、FlexX等。